Инструменты:  git bash

Решение: Если вы используете git 2.13, или более новую версию, тогда для того чтобы сохранить изменения по определенному файлу можно воспользоваться командой:

git stash push -m <message> <file path>

Где -m <message>  — примечание, является необязательным параметром